Nieporozumienie tkwi w pojęciu duszy. Tutaj decydujące jest wykształcenie filozoficzne, zwłaszcza duchowieństwa, z którym obecnie jest niestety nie najlepiej (delikatnie mówiąc).
W rozumieniu potocznym przez duszę rozumie się zwykle duszę duchową i nieśmiertelną, właściwą człowiekowi. To doprecyzowanie jest istotne. Chroni bowiem przed nieporozumieniem i zarazem przed fałszywym rozumieniem duszy w odniesieniu do zwierząt.
Należy mieć na uwadze, że klasyczna filozofia i teologia rozumieją duszę jako formę ciała, czyli zasadę określającą, że dany zbiór atomów (względnie cząsteczek elementarnych) stanowi ten a nie inny organizm żywy.
Zgodnie z tą definicją rozróżnia się trzy zasadnicze rodzaje duszy:
- duszę wegetatywną, właściwą roślinom, czyli elementarna zasada życia,
- duszę sensytywną (zmysłowo-emocjonalną, czyli psychiczną), właściwą zwierzętom, oraz
- duszę duchową, stanowiącą o władzach duchowych jak wolna wola i rozum.
Są to nie tylko rodzaje, lecz zarazem stopnie zasady, którą jest dusza. Według filozofów i teologów chrześcijańskich człowiek łączy w sobie świat materialny oraz wszystkie rodzaje duszy i jest dlatego nazywany "mikrokosmosem". Innymi słowy: człowiek jest organizmem żywym o trzystopniowej duszy, przy czym dusza duchowa, która jest nieśmiertelna, odróżnia go od wszystkich innych stworzeń cielesnych, w tym od zwierząt.
Tym samym jest jasne: jedynie człowiek, jako stworzenie wyposażone w duszę duchową czyli nieśmiertelną, żyje po śmierci, to znaczy jego dusza trwa po śmierci.
Osobną kwestią jest ostateczny los wszystkich innych stworzeń materialnych, które nie mają duszy duchowej czyli nieśmiertelnej. Wiadomo, że te stworzenia kończą swój byt wraz ze śmiercią i rozkładem organizmu do pierwiastków i atomów, które następnie służą jako budulec dla następnych stworzeń, także dla ciał ludzkich. Ostatecznie chodzi o kwestię, co się stanie z materią na końcu świata. Według teologii katolickiej, całe stworzenie, także materia, jest przeznaczona do istnienia uwielbionego dla chwały Bożej. Oznacza to, że nic stworzonego przez Boga nie ulega unicestwieniu, lecz przemianie w "nowe niebo i nową ziemię" (Księga Apokalipsy 21). W tym znaczeniu świat materialny, w tym także zwierzęta, będą stanowiły "nowe stworzenie", jednak jako świat materialny, nie duchowo-nieśmiertelny w znaczeniu trwania zasady duchowej, która jest stworzona na obraz Stwórcy w wolności woli oraz zdolności rozumu. Można powiedzieć, że w świętych w niebie po zmartwychwstaniu trwać będzie także świat dusz wegetatywnych i sensytywnych, oczywiście w sposób przemieniony, "przebóstwiony", czyli wypełniony i udoskonalony przez życie łaski pochodzące od Boga.
